1 - Primeiro, envie o arquivo ".jar" para o seu servidor de minecraft, seguindo o artigo abaixo:
Como instalar qualquer versão do Minecraft na hospedagem
2 - Depois de enviar, renomeie o arquivo para "server.jar"
3 - No menu de navegação, clique em "Inicialização", e em seguida, preencha o campo "ARQUIVO JAR" com o nome do seu jar personalizado
Como no exemplo:
4 - Agora, basta iniciar o seu servidor.